Από το καταστατικό του το Ανατόλια έχει ως στόχο να προσφέρει ποιοτική εκπαίδευση σε μαθητές με περιορισμένα οικονομικά μέσα. Για το σκοπό αυτό προσφέρει υποτροφίες που προέρχονται από κληροδοτήματα και δωρεές προς το σχολείο από ιδιώτες και ιδρύματα που αναγνωρίζουν την αξία της ποιοτικής εκπαίδευσης.

Αυτή τη στιγμή, σχεδόν το 25% του μαθητικού σώματος του Ανατόλια λαμβάνει υποτροφία από 100% ως 25% του ποσού των διδάκτρων. Στην ως τώρα διαδρομή του προγράμματος υποτροφιών έχουν δοθεί περισσότερες από 1000 υποτροφίες, με κριτήρια που συνδυάζουν οικονομική ανάγκη και επίδοση. Οι υποτροφίες απονέμονται μέσα από μια διαδικασία εξετάσεων και συνεντεύξεων που γίνονται κάθε χρόνο στη Θεσσαλονίκη και σε διάφορες πόλεις της Ελλάδας.